15 Mayıs 2003 tarihinde serinin ikinci filmi gösterime girmesine rağmen, seyirciyi bekletmemek namına benzer yıl 5 Kasım’da gösterime sunulan Matrix Revolutions ile serinin üç��ncü filmini de sevenleriyle buluşturmuşlardır. Serinin senaryosunu ve yönetmenliğini Wachowski kardeşler olarak bilinen Lilly Wachowski ve Lana Wachowski yapmıştır. Kahin olarak serinin üçüncü filminde oyuncu kadrosuna dâhil olan Mary Alice, Kate Beahan ve ikinci filmde kadroya dâhil olmuş olan Monica Belluci (Persephony) gibi değerli oyuncuların da bulunduğu bu devam filminde, Neo’yu oynayan Keanu Reeves, Trinity’yi oynayan Carrie-Anne Moss, Casus Smith’i oynayan Hugo Weaving ve Morpheus’u oynayan Laurence Fishburne gibi filmin demirbaşı olmuş oyuncular da bulunmaktadır.
Film bütün dünyada 456 milyon dolar gelir sağlamıştır. İlk filmden sonra imdb puanında düşme gözlemlenen serinin üçüncü filmi olan Matrix Revolutions filminin imdb puanı 6.8’dir.
İkinci filmde Morpheus ve Trinity’nin diğer gemi kaptanlarıyla birlikte, Neo’nun, kaynak adı bahşedilen yere yollanmasını sağlayacak yolu en sonunda bulurlar. Bu sırada makineler insanlığın saklandığı şehir halkı olan Zion’u bulmak üzere olup, kazıya başlamışlardır. En sonunda kaynağa gitmeyi başaran Neo, orada Mimar ile konuşup Matrix ile ilgili tüm gerçekleri öğrenmek için elinden geleni yapar. Matrix hakkında öğrenmesi gereken her şeyi öğrenen Neo bundan böyle makineleri durdurmak için Zion’a dönebilecektir.
Makineler insanlığın şehri olan Zion için kazıyı en sonunda tamamlamış ve şehri bulmuşlardır. Bundan daha sonra bundan böyle halk müziği ve makineler aralarında amansız bir savaş başlayacaktır. Tüm gerçekleri öğrenen Neo, makinelerin şehrine gidip onlarla bir uzlaşma arzetmek için yola çıkar. Ajan Smith, gözü dönmüş ve bütün Matrix’i ele geçirmiştir ve bir öteki planı makineler şehrini tamamen ortadan kaldırmaktır.
Ama Neo, Araf adı verilen yerde sıkışıp kalmıştır ve buradan çıkmayı başaramazsa Ajan Smith bütün âlemi yok edecektir. Neo’nun makineler şehrine gidip sunacağı teklifte, hem ahali keza de makineler arasındaki uyuşmazlık bozulacak ve uzlaşma sağlanacak keza de Ajan Smith’in korkunç planlarına aleyhinde bir araya gelip onu beraber daha aşağı edeceklerdir. Böylelikle iki tarafın da huzuru sağlanmış olacaktır…